A estrutura orgânica dos serviços da ANMP tem por objetivo a conceção, execução e coordenação de apoio técnico, administrativo e político aos órgãos sociais respetivos, nos domínios do planeamento, conceção, organização, gestão, avaliação e controlo.

Cabe à estrutura orgânica dos serviços desenvolver toda a atividade de apoio aos órgãos associativos, adequada à realização das atribuições da ANMP, estando a sua direção operacional a cargo do Secretário-geral.

Para a prossecução das suas atividades a ANMP dispõe das seguintes unidades orgânicas:
:: Secretário-Geral;
:: Gabinete de Apoio ao Secretário-Geral;
:: Secretário-Geral Adjunto;
:: Gabinete de Apoio ao Secretário-Geral Adjunto;
:: Gabinete de Eventos, Secções e Grupos de Trabalho;
:: Gabinete de Finanças, Fundos, Desenvolvimento e Cooperação;
:: Gabinete Informático e de Tecnologias da Informação;
:: Gabinete Jurídico;
:: Gabinete de Relações Internacionais;
:: Gabinete de Comunicação