Núcleo Sede – loja, Serviço Educativo, Centro de Documentação; Núcleo de Arte Sacra – loja; Núcleo do Sal.

Museu Municipal de Alcochete
Constituído por três núcleos de exposição permanente - núcleo sede, núcleo de arte sacra e núcleo do sal, o Museu dispõe ainda de uma embarcação tradicional (um bote de meia quilha) que se assume como núcleo naval, visitável e com condições para realizar passeios no Tejo.
Núcleo Sede - Reúne na sua exposição permanente um espólio multifacetado que pretende apresentar o concelho na multiplicidade dos seus aspectos. Congrega achados arqueológicos, peças de valor etnográfico e algumas peças que constituem importantes documentos históricos.
Núcleo de Arte Sacra - Este núcleo encontra-se instalado na Igreja da Misericórdia, recentemente recuperada e adaptada para albergar o Museu. Este núcleo constituiu-se com base num protocolo estabelecido entre a Santa Casa da Misericórdia de Alcochete e a Câmara Municipal de Alcochete, cabendo a esta última a responsabilidade de gestão do espaço e das colecções expostas, na sua maioria pertença da Santa Casa da Misericórdia. Reúne um espólio essencialmente composto por pintura, abrangendo todo o período compreendido entre os séculos XVI e XX, embora integre igualmente peças de valor religioso.
Núcleo do Sal - Este núcleo, que surgiu da vontade de preservar a memória de uma das mais antigas e importantes actividades laborais do concelho de Alcochete, foi criado com base num protocolo estabelecido entre a Câmara Municipal de Alcochete e a Fundação João Gonçalves Júnior, proprietária das salinas que o constituem. O Museu do Sal é constituído pelas salinas “Gema Cova” e “A Gorda”, bem como pela casa da marinha - Casa da Malta - e a eira que as assiste. Integra uma exposição permanente, patente na casa da marinha, que procura explicitar a lógica desse espaço e a funcionalidade dos objectos de trabalho e de uso quotidiano dos salineiros.